Ο μοναδικός οικισμός του νησιού είναι χτισμένος στη βορειοδυτική πλευρά του, στην κοιλάδα που σχηματίζουν δύο χείμαρροι. Εδώ, μέχρι τον ολέθριο σεισμό του 1968, οι κάτοικοι του Αγίου Ευστρατίου είχαν τα περιβόλια τους. Πάνω από το λιμάνι, σκαρφαλωμένος στην κορυφή του λόφου, βρισκόταν ο παλιός οικισμός του Αγίου Ευστρατίου με λιθόχτιστα, διώροφα ή τριώροφα σπίτια με ξύλινα υποστυλώματα και παραδοσιακή αρχιτεκτονική, ο οποίος υπέστη καταστροφές από το σεισμό του 1968. Τότε η στρατιωτική κυβέρνηση (χούντα) αποφάσισε την κατεδάφιση σχεδόν του συνόλου των σπιτιών του οικισμού.

Από τον σεισμό και την κατεδάφιση που ακολούθησε διασώθηκαν μερικά πέτρινα σπίτια που οι Αγιοστρατίτες αναστήλωσαν με ευλάβεια, όπως και το πανέμορφο κτίριο της Πορφυρίου και Μαρασλείου Σχολής του 1909 που μέχρι τότε στέγαζε το δημοτικό σχολείο του νησιού.  Η Πορφύριος και Μαράσλειος Σχολή χτίστηκε την περίοδο 1906-1909 με δαπάνη της παροικίας των Αγιοστρατητών στην Αίγυπτο και του Εθνικού Ευεργέτη Γρηγ. Μαρασλή. Σήμερα, μετά την ανακαίνισή της, φιλοδοξεί να στεγάσει την ακαδημία «Πράσινης Ενέργειας» στo πλαίσιo εφαρμογής του Προγράμματος «Άη Στράτης Πράσινο Νησί».

Στο όμορφο λιμανάκι του οι ψαράδες δένουν τα αλιευτικά και τις βάρκες τους, ενώ από εδώ τα σκάφη αναψυχής ξεκινάνε για να κάνουν τον γύρο του νησιού και να επισκεφθούν τις παραλίες που δεν είναι προσβάσιμες από την ξηρά. Ιδανική για κοντινές βουτιές είναι και η παραλία Αρκάρι μπροστά στον οικισμό, με τα όμορφα νερά και το γκρίζο βότσαλο.