O Άγιος Ευστράτιος είναι ιδανικός για περιηγήσεις από θαλάσσης. Εάν δεν διαθέτε σκάφος μπορείτε να νοικιάσετε κάποιο από τα καΐκια του νησιού και να απολαύσετε τις βουτιές σας σε απομονωμένες και δυσπρόσιτες παραλίες, αλλά και να θαυμάσετε την παράκτια βραχώδη ζώνη με τους ενδιαφέροντες γεωλογικούς σχηματισμούς, τις χαρακτηριστικές θαλασσοσπηλιές και τις κοντινές βραχονησίδες.